Chaque épidémie a sa route, son tracé, sa propre évolution et éventuelle disparition. La dissémination dépend de la nature des microbes et varie selon leur origine, le franchissement des barrières entre les espèces et les formes de contamination. Les différents facteurs qui façonnent l’émergence et la progression épidémiques expliquent la diffusion des pandémies. Nous les rapporterons avant d’illustrer par quelques exemples emblématiques les multiples facettes qu’ont prises ces fléaux dans l’Histoire.

• Des routes dépendant des causes d’émergence
  et de transmission des microbes

Les deux tiers des infections sont des zoonoses, la rencontre de l’homme avec l’animal formant un couple indissociable. La Covid-19 en est le plus récent exemple ; si cette infection semble bien provenir originellement de la chauve-souris, quel que soit l’hôte intermédiaire avant d’atteindre l’homme, il est difficile cependant de discerner s’il s’agit d’une contagion à partir de la faune sauvage ou de la faune domestique.

Une fois franchie la barrière d’espèces, la transmission, la diffusion et la prolifération des germes dépendent en partie des contacts entre les hommes. L’évolution démographique du monde, qui connaît aujourd’hui d’importantes modifications, joue ainsi un grand rôle. En Asie du Sud-Est, en Amérique latine, au Moyen-Orient et en Afrique du Nord, le taux de fécondité baisse, s’associant à un vieillissement de la pyramide des âges et du taux de croissance démographique. À l’inverse, en Afrique subsaharienne, les régions dévastées par les pandémies du sida, de la tuberculose et du paludisme, ont un taux de natalité qui reste important.

Aux explications d’ordre démographique s’ajoutent celles relevant des déplacements des individus. Les voyages et les échanges commerciaux – le transport de conteneurs par exemple – offrent de multiples exemples d’émergences épidémiques insulaires. Le commerce des esclaves, déjà, avait importé au Nouveau Monde le moustique Aedes aegypti et avec lui la fièvre jaune. Aujourd’hui, la mondialisation du commerce fait qu’aucune frontière ne peut empêcher la progression des épidémies. En parallèle, les migrants qui fuient les guerres, la faim ou le manque de ressources constituent également un facteur de diffusion des épidémies. Les mégapoles actuelles, qui exercent une forte attraction sur ces populations sans ressources, sont des lieux privilégiés pour la diffusion des maladies. D’autant plus que dans les zones suburbaines se concentrent également un certain nombre d’animaux réservoirs ou vecteurs de microbes, comme les rats, les puces ou les poux. L’histoire des épidémies abonde d’exemples de nouvelles émergences infectieuses liées aux déplacements des hommes fuyant des zones à risque ou défavorables, ou au contraire migrant en raison de l’appât des richesses. Au xvie siècle, les voies maritimes de l’Europe vers le Nouveau Monde empruntées par les conquistadores furent à l’origine des épidémies de variole puis de typhus qui décimèrent les empires aztèque et inca.

La liste des causes des épidémies n’est pas exhaustive, car d’autres événements peuvent être à l’origine de leur émergence et de leur diffusion, dont, par exemple, le changement climatique, le délabrement de certaines politiques hospitalières ou la disparition, le rejet ou l’inobservance de mesures de prévention comme les vaccins et l’hygiène hospitalière (infections nosocomiales).

• Premières routes

Il semble que ce soit l’invention de l’agriculture, au néolithique, qui, en rapprochant les hommes des animaux, soit à l’origine des premières épidémies. Les cueilleurs et chasseurs nomades cèdent la place à de petits producteurs alimentaires qui s’installent le long des fleuves. Les animaux sont désormais parqués dans des enclos proches des lieux d’habitation ; les déjections humaines et animales se mêlent. Entre 1500 et 1000 av. J.-C., ce sont vingt-deux espèces animales qui sont domestiquées. La pintade de pandore, le bœuf, le mouton, la chèvre, le porc et le chien transmettent aux hommes des germes qui franchissent aisément la barrière d’espèces. Le bœuf communique la variole, la lèpre, la tuberculose, la typhoïde, les salmonelles et le ténia ; le mouton, le charbon ; le porc et le poulet, la grippe ; le cheval, le tétanos. Ces premières infections sont cependant restées limitées à la proximité des villages et se sont peu disséminées en raison de la rareté des rencontres entre groupes humains.

Il en fut autrement aux Amériques. Là, les espèces domestiquées étaient plus rares, limitées au lama, à l’alpaga et au cobaye, ce dernier véhiculant la maladie de Chagas. Ces animaux étant élevés en semi-liberté, la promiscuité avec l’homme était limitée. L’absence d’infection et donc d’immunité rendront les descendants de ces premiers habitants sensibles aux émergences infectieuses liées à l’arrivée des conquistadores espagnols et portugais aux xve et xvie siècles.

La révolution agricole est également à l’origine d’autres maladies infectieuses liées non plus seulement aux réservoirs des animaux domestiques, mais à l’expansion de certains vecteurs, notamment des moustiques dont le rôle est fondamental dans la transmission du paludisme. Isolés par petits groupes, les hommes du paléolithique ne représentaient que des poches insuffisantes pour perpétuer la maladie très loin. Ce sont les grands singes qui en assumaient la pérennité ; trois des agents du paludisme, Malariae, Ovalae et Vivax, peuvent leur être attribués. L’ancêtre de Falciparum, lui, se retrouve dans les oiseaux. Il provient d’une adaptation plus récente aux moustiques d’abord, aux singes ensuite, puis à l’homme. Avec le déboisement que nécessitaient l’agriculture et l’élevage, oiseaux et chauves-souris, prédateurs des moustiques, ont changé d’habitat, laissant la voie libre aux insectes pour proliférer dans les marais à l’eau stagnante, les points d’eau insalubre et saumâtre. Cela a suffi pour propager le parasite.

Partie d’Afrique vers la Mésopotamie, l’infection paludéenne s’est propagée en remontant la vallée du Nil jusqu’à la Méditerranée. Elle s’implanta en Europe pendant les périodes grecque et romaine. Lorsque le pouvoir politique s’est affaibli, l’eau des aqueducs, qui n’étaient plus entretenus, s’est déversée dans la campagne autour de Rome, offrant aux moustiques l’occasion de se multiplier. Le paludisme s’est ainsi établi sur les rivages de la Méditerranée, causant des ravages durant plusieurs siècles. En Asie, ce sont les paysans qui développaient l’agriculture le long du fleuve Jaune et du Yang-Tse, environ six cents ans avant notre ère, qui furent la cause et les victimes du paludisme – la riziculture, nécessitant des travaux d’irrigation, favorisa l’extension de la maladie. En Inde, c’est la mousson, qui fait alterner saisons sèche et humide, qui permit son développement.

D’autres microbes parvinrent à s’établir et à se développer grâce à l’édification de grandes villes, du croissant fertile à Memphis, Thèbes, Uruk… Des virus comme ceux de la rougeole, de la variole, ou de la rubéole purent ainsi se propager. Seule l’immunité collective a permis de limiter cette expansion à certaines communautés urbaines ou à certains réservoirs, tels les enfants.

• Les animaux tracent la route

Les épidémies de peste1 figurent parmi les plaies que le Dieu de Moïse infligea à l’Égypte ; l’iconographie chrétienne les représente sous forme de flèches et donc de trajectoires multiples. Leur histoire débute avec la guerre du Péloponnèse. En 430 av. J.-C., Athènes est attaquée par Sparte. La campagne est ravagée. Les paysans et les rats qui la fuient gagnent la ville. La concentration démographique et l’insalubrité font alors le lit de l’épidémie. La maladie ressurgira par vagues successives pendant plus de deux ans. Sa deuxième apparition entraîna la victoire de Sparte, car Athènes, plus atteinte, avait perdu le tiers de ses habitants. Au vie siècle, l’épidémie réapparaît, franchit la Méditerranée pour s’étendre vers l’ouest, le nord et gagner l’Europe entière. L’Histoire retiendra la route de cette peste bubonique. Elle fut révélée à Péluse, en Basse-Égypte, mais certains estiment qu’elle vint d’Héliopolis, déborda le delta du Nil, contamina Alexandrie, gagna la Syrie puis Antioche. En 542, on la retrouvera à Constantinople où siège l’empereur Justinien. Puis ce sera l’Illyrie, l’Espagne, l’Italie. À partir d’Arles, elle se répandra jusqu’au Rhin. En 544, l’épidémie déclinant, l’empereur Justinien en proclame la fin. Malheureusement, elle est à nouveau à Antioche en 577, gagne Ravenne puis Constantinople. On estime que 40 à 50 % des populations de l’Empire romain périrent de la « peste justinienne ».

La peste se maintiendra durablement durant deux siècles, frappera à quinze reprises et démantèlera le grand commerce méditerranéen jusqu’à la fin du viiie siècle. Elle touchera l’Europe dix fois, ne se contentant pas de se limiter aux zones maritimes. Avec le cabotage, elle se propagera le long des grandes voies navigables. Le Rhône et la Loire colporteront l’infection à l’intérieur des terres par l’intermédiaire des rats qui se nichent dans les soutes des bateaux, dans les entrepôts et dans les ballots de chiffon.

Un long intervalle sépare la pandémie du haut Moyen Âge de sa nouvelle éclosion six siècles plus tard. La peste avait délaissé l’Occident, sans que les scientifiques en trouvent d’explication claire. Une immunité des rats et des hommes ? Cette hypothèse est plausible sans que l’on puisse la confirmer. Le retour fut brutal. Venue d’Orient, une nouvelle épidémie atteint la limite des comptoirs génois en 1347, avec les cavaliers mongols qui déferlent sur l’ouest de l’Europe à la recherche de pâturages plus propices.

Elle se développe à l’occasion de ce qui est connu comme la première guerre bactériologique : arrivés devant Caffa, port de la mer Caspienne, trait d’union entre les mondes chrétien et musulman, les Mongols se heurtent à une farouche résistance ; contraints de lever le siège, ils catapultent sur la ville les cadavres de leurs compagnons couverts de puces infectantes. Dans la cité génoise où les rats pullulent, la maladie se développe rapidement. Les habitants fuient et prennent la mer. Rats, puces et hommes embarqués sur les mêmes bateaux propagent l’épidémie en Europe. La « mort noire », ou « peste noire », dévastera la façade maritime, traversera l’Italie, l’Espagne, la France, rejoindra la Grande-Bretagne et l’Allemagne, puis Moscou. Entre vingt-cinq et quarante millions de personnes, le tiers de la population de l’époque, seront emportées par l’épidémie. La peste ne quittera pas l’Europe pendant plusieurs siècles.

Cette seconde grande pandémie finira par s’éteindre grâce à une immunité collective, non tant celle des hommes que celle des rats : à partir du xviiie siècle, une espèce de rat gris originaire d’Asie, qui avait établi sa niche écologique dans les zones tempérées de la Russie et de la mer Caspienne, se répand en Europe et, pour une raison inconnue, prend la place du rat noir, réservoir des pestes antérieures. Une des hypothèses proposées est que le nouveau rongeur, infecté par un bacille proche parent de Yersinia Pestis, l’agent de la peste, en était protégé par une sorte d’immunité croisée. En quelque sorte vaccinées, les nouvelles populations de rats firent éteindre les épidémies de peste et protégèrent l’Europe de leur réapparition.

• Quand les hommes s’en mêlent

Deux exemples, parmi de nombreux, montrent que la route des épidémies appartient à l’homme : la grippe espagnole et le sras2.

La « grippe espagnole » fut liée à la dissémination mondiale d’une souche particulièrement virulente entre mars 1918 et juillet 1921. Elle doit son nom, mais non son origine, au fait que l’Espagne fut le seul pays pendant la Première Guerre mondiale à publier des informations relatives à cette épidémie, longtemps cachée par les autres États pour ne pas décourager les combattants. Avant cette date, le monde avait connu d’autres épidémies de grippe, en moyenne trois fois par siècle, sans degré de sévérité particulière.

Le premier cas a été identifié au Kansas, aux États-Unis, chez un jeune agriculteur contaminé par un volatile d’élevage. Appelé sous les drapeaux, il avait rejoint un camp de formation militaire avant de traverser le pays avec ses camarades et de rejoindre le front en France. D’autres cas au Kansas, trop souvent mortels, décidèrent un médecin à alerter les autorités, ce qui, dans un premier temps, n’eut pas de suite. Mais de la base militaire de Fort Riley, l’épidémie s’est rapidement répandue en Amérique du Nord, pendant que les soldats du contingent envoyés en Europe la disséminent dès leur arrivée, à partir de Bordeaux. Du fait de sa grande contagiosité, l’épidémie se propage rapidement, par l’intermédiaire des personnes, civiles ou militaires, se déplaçant avec les moyens ferroviaires et maritimes. En octobre, le virus touche l’ensemble de l’Amérique du Nord ; 30 à 40 % de la population sont atteints avec un taux de mortalité de 2 %. Nombre de villes sont paralysées en raison d’un grand nombre de malades et parce que la population, terrorisée, refuse d’aller travailler. C’est à cette période que sont mises en place les premières mesures barrières : lavage des mains, port du masque, confinement, fermeture des écoles, interdiction des services religieux et des attroupements, distance physique… Parallèlement, en Europe, les populations, affaiblies par quatre ans de guerre et de pénurie, subissent de lourdes pertes. Après deux mois d’accalmie, de décembre 1918 à janvier 1919, le nombre de cas augmente à nouveau, limités cependant par l’immunité collective3. Progressivement, l’épidémie s’atténue ; le dernier cas est signalé en juillet 1921. En un peu plus d’un an, elle a fait plus de victimes4 dans le monde que les combats.

Le sras, quant à lui, fut la première grande peur du xxie siècle. Les premiers cas sont identifiés à la mi-novembre 2002 dans la province du Guangdong, en Chine méridionale. Un médecin contaminé dans cette région se rend à Hong Kong par avion et séjourne dans un hôtel international ; d’autres clients, étrangers, sont alors infectés. Ignorant qu’ils sont en période d’incubation, ils regagnent leurs pays respectifs par des vols réguliers. De leur côté, les médecins qui ont traité les premiers cas se rendent en Europe et en Amérique du Nord. Le virus5 envahit la planète à travers le réseau des lignes aériennes internationales. En moins de quatre mois, il atteint plus de trente pays, infectant huit mille cinq cents personnes, sept cent soixante-quatorze d’entre elles décédant. Faute de liaisons aériennes, la pandémie a épargné les pays les plus pauvres. Elle s’est éteinte au bout de quelques mois, sans que l’on comprenne complètement la soudaineté et la disparition de cette foudroyante émergence. La Covid-19 a montré que les coronavirus savent diffuser et emprunter les multiples voies que suivent les hommes dans leurs déplacements, commerces et migrations.

Si l’homme est impliqué dans la dissémination du virus par le biais de contacts entre individus, il l’est aussi par les modifications de l’environnement qu’il entraîne. Ainsi la construction de barrages fut à l’origine de la fièvre de la vallée du Rift en Égypte (1976) et en Mauritanie (1989). La schistosomiase est devenue endémique dans la région irriguée par le barrage de Diama au Sénégal. La déforestation a permis l’émergence des virus Oropouche en Amazonie et Machupo en Bolivie. La destruction des forêts d’Afrique tropicale, d’Amazonie et d’Indonésie a bouleversé l’écologie, et favorisé le contact entre l’homme et la faune. L’exploitation du bois exotique a rapproché l’homme des grands singes réservoirs des virus vih et des populations de chauves-souris abritant le virus Ebola.

D’autres pratiques accroissent encore les occasions de rencontre à haut risque. La viande de brousse consommée en Afrique est vendue sur les marchés et proposée dans les restaurants haut de gamme. L’agrotourisme dans les aires protégées où vivent les animaux sauvages ainsi que le déplacement d’hommes, d’oiseaux, de moustiques favorisent le passage des germes à des populations jusqu’alors non exposées.

Toutefois, les contacts avec la faune sauvage ne sont pas les seuls en cause : l’élevage intensif de poulets, de porcs ou de ruminants, qui facilite la recombinaison entre virus animaux et humains, est aussi à l’origine de nombreuses épidémies, dont celles de la grippe. Ainsi, en 2005, le virus H5N1 peut avoir été transporté par des oiseaux migrateurs, mais c’est plus probablement par des volailles importées illégalement qu’il s’est introduit dans l’hémisphère Nord.

• Et l’industrie

La fièvre hémorragique d’Argentine a vu sa première description en 1953 chez les agriculteurs de la province de Buenos Aires. Le pathogène ne fut isolé qu’en 1961 : un virus de la famille des Arenavirus, proche du virus Machupo. L’une de ses particularités est son apparition par bouffées épidémiques et saisonnières avec un pic en milieu d’automne, toutes en milieu rural. Le réservoir du virus est la souris du maïs, qui élimine les particules virales dans la salive et les urines, source de contamination directe pour l’homme. La question est pourquoi cette infection s’est-elle transformée en épidémie au xxe siècle ? La réponse tient de l’observation suivante : dans les années 1950, l’Argentine a connu une véritable révolution agricole avec notamment l’utilisation de nouvelles moissonneuses-batteuses pour la récolte du maïs. Par leur rabatteur à griffes, ces imposantes machines happent les souris présentes dans le maïs, les hachent, les écrasent et les pulvérisent sous forme d’un aérosol de sang et d’urine. Dispersée par le broyeur à paille, une pluie virale s’abat sur les ouvriers agricoles qui suivent le cheminement de l’engin. Cette nouvelle source efficace d’infection a suffi pour changer en quelques années le profil épidémiologique de la fièvre hémorragique. La route est ici celle d’une machine agricole.

• Conclusions

Rien n’a changé ou presque depuis la Préhistoire : ce sont les activités et les comportements humains qui sont en cause dans la plupart des épidémies, même si nombre d’entre elles débutent à l’occasion de rencontres avec l’animal. La co-évolution de l’homme et des microbes crée en effet une liaison dangereuse. La modernité multiplie les occasions d’émergence à risque et de transmission, qu’il est difficile de proscrire mais qu’il faut apprendre à maîtriser. Une meilleure information sur les multiples routes des épidémies permet de comprendre les mille facettes de leur évolution, y compris de celle qui surviendra demain.